国家建设项目、市政工程等公益拆迁行政机关在作出房屋拆迁安置裁决时对违章建筑的处理应遵循以下原则。

1.实事求是的原则

这一原则也是《关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》所确立的原则，是解决拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋(包含违章建筑在内)的基本原则。故此，行政机关在处置违章建筑时应当查明违章建筑形成的时间、原因、用途等因素，妥善处理。

2.合法行政、合理行政的原则

作为《全面推进依法行政实施纲要》所明确的依法行政的两项原则，应当贯穿于行政机关处理拆迁问题的始终。由于最高人民法院《关于当事人达不成拆迁补偿安置协议就补偿安置争议提起民事诉讼人民法院应否受理问题的批复》(法释(2005)9号)进一步明确了拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议，应当向行政机关申请裁决。故此，行政机关更应遵循公平、公正的原则，要平等对待拆迁人与被拆迁入及相关当事人，不偏私、不歧视，针对违章建筑采取必要、适当的措施和手段。

3.宽严相济、充分保护被拆迁人合法权益的原则

由于形成违章建筑的原因比较复杂，且在实际生活中，违章建筑已成为一部分低收入家庭的主要收入来源，成为其维持基本生活的保障。故此行政机关应当分门别类，宽严相济，针对不同的具体情况，采取不同的措施，充分保护被拆迁人的合法权益。