这与征地拆迁项目的性质有关。如果是商铺在集体土地上，那么依据《土地管理法》第四十六条规定，国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。另外，依据《土地管理法实施条例》第二十五条规定，征地补偿、安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。因此，集体土地上的商铺应当与市县级人民政府或者国土部门签订补偿协议。

如果商铺建立在国有土地上，依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。因此，国有土地上的商铺应当与市县级人民政府或者房屋征收部门签订补偿协议。

大家可不能小看补偿协议的签订对象。征收补偿协议是指拆迁方与被拆迁人为了明确房屋征收补偿过程中各自的权利和义务的协议，协议与谁签订，直接关系到协议履行的问题。如果协议相对方并非法定的签订主体，就可能导致一系列麻烦，不利于被拆迁人维护自身合法权益。